En 1990, une première étape importante est franchie vers l’instauration d’une politique pérenne du spectacle vivant à Dunkerque : c’est la création, en septembre, du festival Art’Rivages. Portée par l’A.P.E.C. (Association pour la préfiguration d’un établissement culturel pour la région dunkerquoise, président Pierre Yana), ce festival pluridisciplinaire bénéficie d’une convention de développement signée par la Ville de Dunkerque, la Direction Régionale des Affaires Culturelles avec le soutien de la Région Nord – Pas-de-Calais.
La réponse, relativement massive, d’un premier cercle de « public naturel » à la programmation diversifiée du Festival, est claire. Si besoin était, preuve est désormais faite qu’il existe bien dans la population un appétit culturel et artistique, qui ne demande qu’à être régulièrement alimenté et qui ne saurait se satisfaire de l’offre de spectacle alors disponible localement.
Parallèlement à l’organisation de la deuxième édition d’Art’Rivages (septembre 1991), les négociations menées entre la DRAC, la Région et la Ville aboutissent, en mai 1991, à la création du « Bateau Feu – Centre de Développement Culturel de Dunkerque », avec le statut d’une association régie par la loi de 1901. Jacques Duquesne, journaliste et écrivain est élu président. La signature d’une convention avec la Ville de Dunkerque permet à l’établissement nouvellement créé de disposer prioritairement du théâtre municipal, d’y installer ses bureaux administratifs, et d’en assurer la programmation.
En septembre 1991, inaugurant sa première saison, Le Bateau Feu ouvre ses portes au public. Au cours de sa troisième saison, Le Bateau Feu obtient le label « Scène nationale ».
Au fil des saisons Le Bateau Feu programme une montée en charge mesurée de ses activités, se traduisant par l’accueil de spectacles de référence nationale, en particulier ceux les plus contemporains, un investissement de plus en plus important dans la création : productions, coproductions et préachats. Parallèlement à ces activités de diffusion et de production, la Scène nationale inscrit, dès ses premières saisons, au cœur de son projet global une politique ambitieuse d’action culturelle et artistique, en particulier avec les maisons de quartier de Dunkerque et avec certaines villes de l’agglomération.
L’action culturelle soutenue par un engagement budgétaire conséquent permet la mise en place d’opérations d'envergure. Parmi les plus emblématiques citons : Les Rues d’la Fête (1991-1995) ; le bal Danse à voir et à danser de José Montalvo (1996-1997) ; Histoires courtes mais vraies ou… presque de Vincent Goethals (1999-2000), en 2004 Les Quais de Chine avec Farid Berki dans le cadre de Lille 2004 / Capitale Européenne de la Culture et des Années croisées France/Chine.
À partir de 2000, Le Bateau Feu met en place une politique de résidence à long terme (trois saisons) avec Théâtre en Scène dirigé par le metteur en scène Vincent Goethals, avec Melting Spot dirigé par le chorégraphe Farid Berki, avec Les Voyageurs dirigés par le metteur en scène Pierre Foviau.
En mars 2006, Le Bateau Feu inaugure "L' Avant-Scène", salle de répétition, réalisée avec le soutien financier de la Ville de Dunkerque, la Communauté urbaine, le Ministère de la Culture et de la Communication, la Région Nord - Pas-de-Calais et le Conseil départemental du Nord. La Ville de Dunkerque, propriétaire de ce bâtiment, a signé une convention de mise à disposition du lieu avec la Scène nationale, convention du même type que celle concernant le théâtre.
Suite au départ de Jean-Paul Noël, à la tête de la structure depuis sa création, Hélène Cancel prend la direction du Bateau Feu en avril 2006. Ce changement de direction est l’occasion d’inscrire une dimension internationale européenne plus affirmée dans les projets de la scène nationale. Dans ce nouveau projet artistique et culturel, outre la présentation de spectacles pluridisciplinaires, un axe de développement transfrontalier est construit de manière très volontariste. Cette coopération s'est traduite en 2009 par la mise en place d'un projet Interreg IV mené avec De Spil Cultuurcentrum à Roeselare et associant plusieurs autres sturctures belges (Casino Koksijde, Cultuurcentrum Brugge,etc.).
De 2006 à 2011, deux temps fort rythment les saisons. Le temps fort "Corps furieux" rassemble des spectacles qui mettent en avant la question du corps. Le temps fort "Horizons d'Europe" met en valeur la production artistique d'un pays européen : l'Italie et l'Allemagne en 2007, la Pologne en 2009, la Turquie en 2010 et le Portugal en 2011.
À la fin de la saison 2010 / 2011, l'équipe du Bateau Feu quitte le théâtre de Dunkerque et s'installe provisoirement dans une ancienne auberge de jeunesse située au bord de la mer. C'est de là qu'elle va piloter les trois saisons du "Bateau Feu en promenade", le temps de mener les importants travaux de restructuration du théâtre de Dunkerque. Cette "promenade" du Bateau Feu dans l'agglomération a permis de rencontrer un très grand nombre d'habitants dans le cadre d'une vingtaine de résidences d'artistes parmi lesquels la Cie du Tire-Laine, Frédéric Le Junter, le Théâtre de Chambre, la Cie HVDZ, Le Prato, l'Ensemble Lidonnes, le Turak Théâtre, la Cie La Sibylle, la Cie La Môme, la Cie La Bao Acou, la Cie Nadia Xerri-L., le groupe A.I.M.E., etc. La programmation de la "promenade" s'est développée dans de très nombreux lieux de l'agglomération dunkerquoise, s'appuyant sur des collaborations fructueuses avec les structures culturelles et socio-culturelles du Dunkerquois et avec les communes qui composent le territoire.
Le théâtre a réouvert en mai 2014 à l'issue des travaux.
En février 2018, Ludovic Rogeau succède à Hélène Cancel à la direction du Bateau Feu pour développer un nouveau projet artistique à partir de septembre 2018.